L'amministrazione finanziaria svolge una continua attività di controllo sulle dichiarazioni dei contribuenti. Il controllo delle dichiarazioni avviene attualmente in due distinte fasi: la cosiddetta "liquidazione" e il controllo formale.
In pratica, una prima fase di controllo viene effettuata, in via preliminare, dagli stessi intermediari che provvedono alla trasmissione in via telematica delle dichiarazioni, per mezzo di un software distribuito dall'Amministrazione finanziaria.  Inoltre, con la presentazione del mod. 730 al Caaf e l’apposizione del visto di conformità viene garantita, sulla base della documentazione fornita e delle disposizioni di legge, la corretta indicazione delle deduzioni e detrazioni d’imposta, delle ritenute spettanti nonché degli importi dovuti a titolo di saldo ovvero i rimborsi spettanti.
L'Amministrazione, una volta ricevuti i dati relativi alla dichiarazione, provvede a controllarli sulla base dei dati in possesso dell'Anagrafe tributaria (c.d. "liquidazione").
Questo controllo consente:

• di correggere gli errori materiali e di calcolo commessi nella determinazione degli imponibili, delle imposte, dei contributi e dei premi, nonché nel riporto delle eccedenze d'imposta e dei contributi risultanti dalle precedenti dichiarazioni;
• di ridurre le detrazioni d'imposta, le deduzioni dal reddito e i crediti d'imposta esposti in misura superiore a quella prevista dalla legge ovvero non spettanti sulla base dei dati risultanti dalle dichiarazioni;
• di verificare la congruità e la tempestività dei versamenti delle imposte, dei contributi e dei premi dovuti nonché delle ritenute alla fonte operate in qualità di sostituto d'imposta.

L'amministrazione finanziaria, nel caso in cui dalla liquidazione emerga un risultato diverso da quello indicato in dichiarazione, provvede a comunicarlo al contribuente (vedasi "Le comunicazioni ai contribuenti")
in modo da:

• evitare il ripetersi di errori nelle successive dichiarazioni;
• regolarizzare gli aspetti formali;
• consentire al contribuente di comunicare all'Amministrazione finanziaria eventuali dati ed elementi non considerati nella fase di liquidazione.

La procedura di liquidazione deve concludersi entro l'inizio del periodo di presentazione delle dichiarazioni relative all'anno successivo.

La seconda fase dell'attività di controllo delle dichiarazioni prevede un'attività istruttoria degli uffici dell'Amministrazione finanziaria, che deve concludersi entro il 31 dicembre del secondo anno successivo a quello di presentazione e che riguarda le dichiarazioni selezionate in base a criteri fissati dal Ministro delle finanze (c.d. "controllo formale"). Anche nell'ambito di questo tipo di controllo è previsto l'invio di una comunicazione al contribuente (vedasi "Le comunicazioni ai contribuenti").

Esiste poi un terzo tipo di controllo più sostanziale (vedasi "I controlli sostanziali"), che avviene solo per un numero limitato di dichiarazioni, e che riguarda l'insieme della posizione fiscale del contribuente e dell'attività economica da lui esercitata.